玉山國家公園雖然排除萬難成立，但如何建立管理模式、如何鼓勵民眾以正確的方式接近國家公園等問題卻是嶄新挑戰。在缺乏管理且遊人缺乏保育觀念下，從前登山界戲言「跟著垃圾走，就可以到達山頂」，排雲山莊由於垃圾、廚餘，造成住宿品質低落，菸蒂時常引起森林火災，隨意綁在樹上的路標更是千年不壞。
1985 年，玉山國家公園管理處首度大舉淨山，雇請20多位原住民青年清理主峰線垃圾，籲請山友保持山區清潔、宣導常用步道禁綁路標，並寄發「環境維護管理要點」 至登山團體、學校社團，強調「除了攝影什麼都不取，除了足跡什麼都不留，除了時間什麼都不殺。」這幾句話，成為台灣環保界最早打響的口號。1991年4月 22日「世界地球日」當天，玉管處邀請環保人士共同埋設環保膠囊，西式墳墓造型的棺材內，滿是當代不易腐朽的石化垃圾，並預計50年後開棺，警惕世人環境 保護意識，希望垃圾留在歷史裡，而不是山道上。
除了環境清潔外，各項保育工作也持續進行。玉管處輔導原住民獵人，熟悉獵場文化的他們，搖身一變成為保育巡察員（舊稱巡山員），曾於半年內查獲5000多件獵具。唯 有親近自然，才可能喜歡自然，進而保護環境。有鑑於此，在經歷淨山、禁獵等大刀闊斧後，玉管處委請山岳攝影家，以鏡頭捕捉玉山之美，照片內容遍及地景、自 然、人文等景觀，舉辦「玉山之美」多項展覽、「國家公園資源講座」等，並於1991年，舉辦首屆「奧林匹克盃玉山高山馬拉松」賽。
諸 多活動的介紹、推廣，的確讓更多人欣賞，並願意親近自然，然而，趨之若騖的遊人卻造成嚴重環境負荷。尤其玉山國家公園園區內超過3000公尺的百岳有30 座，登山步道又常位於保護區內，光是每年申請攀登玉山主峰者，就多達數十萬人次。塔塔加可見台灣獼猴向人乞食，排雲山莊等地，發現、台灣黑熊、山羊等飽食 垃圾，野鳥因此體態豐腴。此時，也到了人們該思索的時刻。1999年起，玉管處開始實施生態保護區承載管制，劃定各宿營地區每日住宿量。
即便如此，山區養生休息的時間仍嫌不足，自2004年起，玉管處便開始舉行「玉山山祭」活動。活動宗旨不是鼓勵大家多多上山，相反的，卻是鼓勵大家保持距離體會玉山之美。
今年「聖山守護──2006年玉山山祭系列活動」共分「淨山」、「靜山」、「敬山」、「開山」四個階段，1月13至15日，由「淨山」揭開序幕，數個山岳團 體志工、企業志工沿三條不同路線清理環境，1月15日，塔塔加排雲管理廣場前，以鄒族傳統「敬謝山神」儀式舉行「靜山祭」，鄒族人的風笛聲響徹山野，象徵 玉山封山期開端，並關閉登山柵欄，自1月13日起至3月25日，兩個多月的時間內除了審核通過的雪訓與研究人員外，一般遊客禁止入山。「敬山期」玉管處於中、低海拔山區舉辦「玉山容顏攝影比賽」、「森林防火宣導」、「安全生態登山講座」、「布農傳統文化展」、「環境教育特展」等活動，遊客雖然無法上山，卻可以用另類方式欣賞與山之美，甚至進行一場知性之旅。
3月25日，塔塔加響徹布農族打擊樂聲，以「敬祭山神」傳統儀式進行「開山祭」；法鼓山文教基金會以佛教儀式替萬物生靈祈福、保佑登山平安，山狗大樂團演出 客家山歌及玉山之歌，十鼓擊樂團演出樂曲「山之喚」。隨後由全國數十名民眾報名組成的「玉山首登隊」，在完成授旗儀式後，與日本富士山登山團上山，揭開登 山序幕。另舉行「全民守護聖山──塔塔加生態之旅」。人們對玉山的守護，就此活動跨越種族、時空，甚至放眼國際。千 萬年以來，玉山守護著島嶼，現在人們則必須守護玉山。首任玉管處處長葉世文曾說，國家公園的經營在100年以後，也許不用100年，有一天帶你的孫子，在 玉山面前很驕傲的說：「你現在所看到的，就是我當年爬玉山時所看到的，沒什麼改變，一樣是那麼漂亮。」隨著時代推演，人們對國家公園的管理經營方式也逐漸 轉變，也唯有如此，才能讓更多人有機會因為這片土地的美好而感動。