在規劃成立首座國家公園之時，行政院於民國 71 年 5 月通過了「觀光資源開發計畫」，指定在 2 年內完成玉山、陽明山、太魯閣等國家公園。民國 73 年 9 月行政院於施政報告中，更明示將國家公園之規劃建設，列為 6 年 14 項重要建設計畫之一。於是國家公園組便積極展開規劃工作，並於民國 74 年分別設立了陽明山與玉山國家公園，翌年則設立了太魯閣國家公園，並分別成立了國家公園管理處執行國家公園業務之推動。至此國家公園占地 24 萬多公頃，相當於臺灣面積的 6%。在短短 5 年內，成立了 4 座國家公園，是值得國人驕傲的，且是世界各國成立國家公園最有效率的一個。但較諸美、日等先進國家仍晚了 50 年至 100 年以上，即使較諸亞洲鄰國如韓國、印度、菲律賓、泰國、伊朗、尼泊爾等，也晚了 5 到 20 年以上。
民國 75 年以後，國家公園組開始規劃蘭嶼國家公園，然因蘭嶼當地住民的反對聲浪，而延宕甚久。此時國家公園組則將部分人力轉而規劃，位於原日治時代即規劃的次高太魯閣國立公園範圍內的雪山、大霸尖山地區為國家公園，較蘭嶼地區明顯順利，當地居民也樂見國家公園於當地設立，地方政府並紛紛主動提供土地作為管理處與遊客中心用地，而該國家公園也於民國 81 年 7 月成立管理處開始執行各項業務。
目前已成立 9 座國家公園
民國 81 年 6 月間，太魯閣國家公園與哥斯大黎加共和國的亞伯斯國家公園締結姊妹國家公園，營建署長潘禮門先生與貴賓一致建議，仿效美國之戰地史蹟國家公園，將解除軍事管制之金門設立為戰蹟公園，國家公園組隨即會同專家學者進行勘察工作。同年，任國際自然保育聯盟國家公園委員會主席的路卡斯博士應內政部之邀，參訪臺灣之國家公園並建議將具有世界級景觀特色之太魯閣國家公園，納入世界襲產地之一，唯因臺灣並非聯合國會員而遭擱置。
民國 82 年初行政院經濟建設委員會正式核定蘭嶼國家公園區域範圍，而同年 2 月，蘭嶼原住民組隊至內政部抗議，反對理由不外乎原設核能廢料儲存廠之遷移，及擔心爾後原住民之漁獵及伐木將會受限制，然而許多學者專家持肯定立場，認為國家公園之設立將有積極保護雅美文化之正面意義，最後基於尊重當地原住民意願，蘭嶼國家公園暫不設置。
民國 84 年，以保存人文史蹟為主要目的之金門國家公園正式設立，成為臺灣第 6 座國家公園。民國87年埔里人士提議設置能丹國家公園，隔年，因遭到鄰近布農族人強烈反彈而作罷。同年，民間保育團體為保護位於宜蘭、新竹交界一帶，臺灣最後一片檜木林，倡議設置棲蘭國家公園（即馬告國家公園），民國89年政府著手積極規劃馬告國家公園。
另為保育東沙環礁之珍稀資源及人文資產，民國 96 年 1 月正式成立東沙環礁國家公園。其間，民國 92 年台南市政府自主、積極地提出申請設置台江國家公園（台南市範圍部分），歷經多年努力，台江國家公園計畫書、圖終於民國 98 年 10 月 15 日公告生效，成為第 8 座國家公園。而為了保育珍貴珊瑚礁生態與獨特梯田式菜宅人文地景等多樣化的資源，澎湖南方四島國家公園亦於103年6月8日正式公告設立，成為第9座國家公園。自此，台灣從山到海都納入保育範疇。
