目前計畫設置的國家公園有「東沙國家公園」、「馬告國家公園」以及「能丹國家公園」等多座,其中以東沙國家公園最為迫切。東沙島環礁是南中國海發展最大且完整的珊瑚環礁生態系,生物多樣性高,保育及復育工作極為重要。2003年,行政院指示內政部營建署國家公園組進行東沙島設置國家公園可能性評估,以及相關基礎研究。2004年,國家公園組開始進行評估,並與相關機關協商,包括高雄市政府(目前為東沙島行政區域之代理管理單位)、海巡署、漁業署等,大家看法頗一致,皆認為東沙島環礁應劃設為海洋型國家公園。
初步評估之後,便要劃設國家公園的範圍。東沙國家公園的劃設範圍,將東沙環礁周圍100公尺等深線內的範圍,劃設為「核心生態保育區」,以100公尺等深線延伸至外圍12海浬處為「緩衝區」,另外還包含東沙島本身的陸地部分。
國家公園組向行政院提出初步報告後,行政院同意他們所提之《東沙國家公園可行性評估及範圍劃設說明書》,緊接著,國家公園組便更積極展開另一步,就是基礎生物調查。過去雖然也有過基礎調查,但多偏重東沙島幾個觀測點而已,缺乏全面性的資料,而全面性的基礎生物調查是國家公園成立規劃之初不可或缺的重要基礎,有助於擬定國家公園計畫書,以及未來整體的規劃管理。
依照基礎生物資料完成完整的國家公園計畫書後,便將計畫提報國家公園計劃委員會,進行全面評估與了解。之後,再陸續提報內政部、行政院,成立「東沙國家公園籌備處」。完成這些程序,最後再成立「東沙國家公園管理處」,一個國家公園的設置大致完成了。