墾丁天主教中心新建工地當時探(鑽)勘時未發現大量珊瑚礁石，嗣於現場開挖時才發現珊瑚礁石，墾管處於104年2月6日會同相關單位現勘，除就各單位職掌權責釐清外，因珊瑚礁石不屬於營建剩餘土石方所規定範圍，就該工程所挖掘出的珊瑚礁石將放置於園區內指定之生態備料庫場址保存，作為後續國家公園景觀區公共造景或生態備料使用。
另墾丁天主教中心新建宗教設施開挖工程依「屏東縣營建剩餘土石方管理自治條例」規定，已報送計畫於墾管處備查，基地開挖土石方扣除基地應回填部分皆應運送至合法嘉益土資場置放，附近地區有該項工程土石方暫置地區，墾管處已要求營造廠商回復原狀，並提供剩餘土石方流向證明作為佐證依據。
未來針對園區內類似開挖工程，將要求如遇特殊礁岩時，皆應通報墾管處，並由墾管處指定運送地區置放於生態備料庫內，嚴禁珍貴珊瑚礁石外運情形發生。
